反滲透膜清洗時添加的化學藥劑應參照膜生產商提供的產品技術手冊及要求，避免對膜造成不可逆的損傷。可考慮下列因素：清洗設備的需求、膜與清洗劑的相容性、結構材料、污染物鑒定、對使用過的清洗液的排放條件及由此造成的影響。
常用的物理清洗是用淡水沖洗膜面，也可以用原水來沖洗，在低壓下以高速流沖洗膜面30min。在管式膜組件中，用海綿球清洗膜面，海綿球高速循環沖刷膜面，可將膜面上的污垢機械去除。
常用的化學清洗如：1%～2%的檸檬酸溶液，在高壓或低壓下采用一次通水或循環方式對膜面進行沖洗，這種方法對去除氫氧化鐵沉淀很有效。酶清洗劑對去除有機物，特別是蛋白質、多糖類、油脂等污染物是有效的，酶洗滌劑在50℃～60℃下有很好的洗滌效果，但醋酸纖維素系和芳香族聚酰胺系膜的耐熱性較差，所以要在30℃～35℃下沖洗，濃度低時沖洗時間長，濃度高時沖洗時間短，清洗時要注意對膜的有害作用。