城市專項規劃需要建立在水生態、水環境、水安全、水資源等方面規劃完善的基礎上，編制工作非常復雜，廣東省城鄉規劃設計研究院規劃師趙崇標在《關于城市規劃的新認識》的報告中提出，難度主要表現在理念、技術、體制等幾個方面：

一、理念方面。在規劃編制時要求從工程導向向問題導向轉變，要注意系統性，綜合考慮源頭、過程、末端的有機整合，不能將城市專項規劃變成單純的低影響開發規劃、指標分解規劃。

二、技術方面。城市專項規劃的編制需要模型、監測評估技術的輔助；而這些新技術的應用水平在我國目前普遍還不高。

三、體制方面。城市建設涉及到規劃、城建、園林、建筑、水利、市政等多個專業，需要多主管部門的協調配合；導則規劃方案是多部門的博弈和協調的結果。

其中，編制或修改控制性詳細規劃時，應參考城市專項規劃中確定的雨水年徑流總量控制率等要求，并根據實際情況，落實雨水年徑流總量控制率等指標。編制或修改城市道路、綠地、水系統、排水防澇等專項規劃，應與城市專項規劃充分銜接。

城市建設涉及水生態、水環境、水安全、水資源甚至水文化各個方面；相比傳統的工程規劃，城市規劃關注的是通過城市規劃建設管控系統解決城市水問題的方案，而非單一型的市政設施建設，其理念和要求需要專項規劃統籌，從而在城市建筑與小區、道路與廣場、公園與綠地等各要素中落實并有機銜接，相互配合，系統實現。