1、微生物控制。可以通過連續式或間歇式的加入非氧化性且對膜沒有影響的殺菌劑，來能夠有效地控制和殺死反滲透系統中滋生的微生物，然后再通過濃水將其帶出系統。
2、化學污染。發生化學污染是進水中的某些物質與膜表面發生了化學反應，從而引起沉積、沉淀以及膜表面的非常規老化，導致膜表面發生污染或使膜的性能變差。經常見到的情況有：預處理時絮凝劑選用不當，運行時阻垢劑的選用不當，清洗時清洗藥劑選用不當，預處理控制不嚴格，致使進水中帶入對膜有危害的物質(如：余氯的超標導致膜面活性層的氧化)。 化學污染處理主要從系統預處理的完善及操作人員技術水平的提高來進行預防，污染一旦產生很難清洗或者很難使膜的性能恢復。

3、膠體、顆粒物沉積。膠體、顆粒物污染是比較常見的反滲透系統污染。水中大量存在粘泥、膠體硅、金屬的氧化物及有機質等顆粒物，在一體化純水設備反滲透系統預處理中可以將源水中的這些污染源控制在一定程度，不致使對系統短期運行造成一定的影響。但由于系統長時間的運行預處理處理效果不理想、預處理反沖洗不徹底、操作人員的日常操作不到位等原因，都會造成系統膠體、顆粒物的污染。為了防止反滲透系統膠體污染，我們要求進水SDI值小于5(最好是小于3)，這樣有利于系統長期安全運行。